「運用する」＝（イコール）「バックアップする」と言っても過言ではありません。仕事上のバックアップのスケジュールがあるから大丈夫、などと楽観できないケースもあると思います。
今回のトラブルに当たっては、どのようなバックアップ作業が必要なのか、よく考えなければならないかもしれなくて、 取急ぎ緊急の場合のバックアップというのは、意外に面倒くさくて重荷かもしれません。

VPSの「OSを初期化する」場合に確認しておくバックアップですが、OSの初期化に伴ってWordpressブログの投稿記事やコメントなどがすべて消滅してしまいますので、記事等のコンテンツのバックアップがなければ、OS初期化のあとで、これまで更新してきたブログを再現することができません。

Apacheが起動しない状況では、この時点で投稿記事等バックアップすることは不可能と思われます。